v1.0 - 研究基础能力
完成文献检索、PBDB 查询、分类学与地层学能力。
点击场景命令，实时查看 PaleoClaw 的典型输出结构
📄 Papers Found 1) Jurassic Theropod Diversity Patterns (2024) DOI: 10.1016/j.palaeo.2024.112233 2) New constraints on Middle Jurassic ecosystems (2023) DOI: 10.1016/j.cretres.2023.109998 Data source: CrossRef + Semantic Scholar
全方位支持古生物学研究工作流程
新增工具注册中心、记忆上下文围栏与会话自动持久化，科研链路更可控、更可复现。
支持按环境精细控制自动工具、记忆上下文与会话自动保存策略。
几何形态测量（GM）工作流：地标点提取、可视化与多格式导出
双层个性化架构，分离系统身份与用户偏好
智能记录研究历史，基于向量的相似度搜索
实时追踪计算机使用情况，生成Markdown格式的每日生产力日志
通过CrossRef、Semantic Scholar、arXiv搜索古生物学论文
从古生物数据库查询化石出现记录
从PBDB、NCBI获取分类学分类信息
从PBDB获取地质地层数据
使用AI分析生成结构化论文摘要
综合研究工作流程集成
从问题提出到可复现实验报告，形成闭环
输入研究主题、目标分类群、时间范围与地层背景，快速建立研究边界。
跨 PBDB / CrossRef / Semantic Scholar / arXiv 聚合证据，提升检索完整度。
自动整理关键发现、争议观点、证据等级，并给出下一步研究建议。
将任务过程与结论写入记忆系统，沉淀团队可复用的科研资产。
面向科研真实需求持续演进
完成文献检索、PBDB 查询、分类学与地层学能力。
加入 screen monitor、activity logger、daily report 能力。
双层画像与记忆系统落地，CLI 链路与导出一致性全面修复。
引入统一工具注册中心、会话持久化与恢复、自动记忆上下文注入及运行时开关。
计划增强多用户工作区、共享知识库、实验记录审计和课题模板。
所有数据均经过主要来源验证
每篇论文都包含DOI
清楚标记有争议的数据
记录所有查询和参数
三步即可开始使用PaleoClaw
npm install -g paleoclaw@latest
paleoclaw profile init
paleoclaw config set --ai-provider openai --ai-model gpt-5-mini
paleoclaw gateway --port 18789 --verbose
paleoclaw paleo-tools list
paleoclaw paleo-session list --limit 5
paleoclaw agent --message "Find papers about Jurassic theropods"
看看PaleoClaw能为您做什么
已注册工具: 6
• pbdb_query - 查询化石出现记录与地层信息
• crossref_search - 检索文献元数据与 DOI
• literature_summary - 生成结构化研究摘要
特性: 统一注册、统一执行、统一上下文注入
查看详情: paleoclaw paleo-tools show crossref_search
最近会话:
• s_20260312_141503 - Jurassic Theropod Literature Sweep
• s_20260312_152240 - PBDB Fossil Occurrence Cross-check
• s_20260312_164010 - Morphometric Batch Notes
恢复会话: paleoclaw paleo-session resume s_20260312_141503
搜索会话: paleoclaw paleo-session search "K-Pg"
✓ 创建 ~/.paleoclaw/soul.md - 系统身份与核心原则
✓ 创建 ~/.paleoclaw/user.md - 个人研究偏好设置
配置内容:
• 数据源优先级: PBDB > CrossRef > Semantic Scholar
• 输出语言: 中文/英文双语
• 研究领域: 中生代恐龙、古生态学
• 引用格式: APA 第7版
查看配置: paleoclaw profile show
编辑配置: 直接编辑 ~/.paleoclaw/soul.md 和 user.md
短期记忆: 15 条任务记录
长期记忆: 8 条研究洞察
存储位置: ~/.paleoclaw/memory/
最近任务:
• 2026-03-09 14:30 - 查询侏罗纪兽脚类文献 (已完成)
• 2026-03-09 15:45 - PBDB化石分布查询 (已完成)
• 2026-03-09 16:20 - 分类学验证 (进行中)
搜索记忆: paleoclaw paleo-memory search "恐龙灭绝"
归档旧记忆: paleoclaw paleo-memory archive
作者: Smith, J., Johnson, K., Williams, R.
年份: 2023 | 期刊: Paleobiology
DOI: 10.1016/j.palaeo.2023.111234 | 引用: 42
作者: Chen, L., et al.
年份: 2022 | 期刊: Cretaceous Research
DOI: 10.1016/j.cretres.2022.105234 | 引用: 28
名称: Velociraptor mongoliensis
等级: species | 状态: valid
└─ Kingdom: Animalia
└─ Phylum: Chordata
└─ Class: Dinosauria
└─ Order: Saurischia
└─ Suborder: Theropoda
└─ Family: Dromaeosauridae
└─ Genus: Velociraptor
└─ Species: V. mongoliensis
地点: Montana, USA
坐标: 45.0, -110.0 | 年代: 66 Ma
地层: Hell Creek Formation
地点: South Dakota, USA
坐标: 43.5, -102.5 | 年代: 66 Ma
地层: Hell Creek Formation
总出现次数: ~50 | 数据来源: PBDB (paleobiodb.org)
地标点: 64 个（全部为半地标点）
导出: TPS / CSV / Excel / JSON
可视化: 地标点覆盖图 + 处理前后对比
兼容: MorphoJ、R geomorph、TPS 系列工具
批处理: 支持 specimens/ 文件夹批量分析与导出
批量处理: paleoclaw agent --message "Batch process specimens/ folder"
导出 TPS: paleoclaw agent --message "Export as TPS for MorphoJ"
化石出现记录和分类学数据
同行评审文献元数据
引用分析和学术图谱
预印本论文（明确标记）
深入了解PaleoClaw的各项功能
部署与科研使用中最常见的问题与建议
核心 CLI、profile、memory 等本地能力可离线运行；文献检索/PBDB 等数据查询需要联网访问外部数据源。
可以。建议将 `soul.md`、`user.md`、常用命令模板与研究模板纳入版本控制，并通过私有仓库共享。
建议固定模型与版本、保留查询参数、记录数据检索日期与 DOI，并定期导出记忆与分析结果作为审计轨迹。
请先阅读“部署使用手册”中的排障章节，再提交 issue，并附上系统版本、Node 版本、完整错误日志与复现步骤。
立即安装PaleoClaw，开启您的古生物学研究之旅